El actual director es el Dr. Eulalio Morales Palacios. Recientemente el HUP obtuvo la acreditación por su capacidad, calidad y seguridad así como la certificación que lo avala como Hospital Seguro, ambos reconocimientos por parte de instancias federales.
Gracias al Hospital Universitario de Puebla que está comprometido con la satisfacción plena de sus derecho habientes mediante la provisión se servicios asitenciales, la formación de recursos humanos y el desarrollo de investigación en salud, con los más altos estándares de calidad, cumpliendo con la normatividad aplicable y manteniendo un programa de mejoramiento continuo.
La unidad médica del Hospital Universitario de Puebla, antes Hospital Civil de Puebla, fue creado por el decreto del 19 de agosto de 1965 y construido por la SSA, la fundación Mary Street Jennkins y el antiguo Hospital General de Beneficiencia Pública. El 12 de agosto de 1973 el H. Congreso del estado decretó la cesión gratuita a favor de la Universidad Autónoma de Puebla, de los inmuebles que integraron las unidades del Hospital Civil, con el único objeto de crear un hospital escuela. De esta manera el Hospital Civil dejó de depender de estado y cambio su denominación por Hospital Universitario de Puebla.
El Hospital Universitario de Puebla otorga servicios integrales de salud con calidez, equidad y humanismo que garantizan seguridad y atención de calidad al paciente; integrando actividades asistenciales de enseñanza e investigación científica que forman profesionales con un alto sentido de responsabilidad profesional y ética.